北海道大学 大学院理学研究院 化学部門

生物化学研究室

Publication（論文）

• Sakaguchi T., Nakagawa N., Mine K., Janairo J.I.B., Kamada R., Omichinski J.G., and Sakaguchi K.
  Biomineralization through a Symmetry-Controlled Oligomeric Peptide.
  Biomimetics, 2023, 8, 606.
  https://doi.org/10.3390/biomimetics8080606
  
• Sakaguchi S., Nakagawa N., Wahba H.M., Wada J., Kamada R., Omichinski J.G., and Sakaguchi K.
  Highly Similar Tetramerization Domains from the p53 Protein of Different Mammalian Species Possess Varying Biophysical, Functional and Structural Properties.
  Int. J. Mol. Sci., 2023, 24, 16620.
  https://doi.org/10.3390/ijms242316620
• Tsuruoka T., Nakayama E., Endo T., Harashima S., Kamada R., Sakaguchi K., and Imagawa, T.
  Development of a fluorescence reporter system to quantify transcriptional activity of endogenous p53 in living cells.
  J. Cell Sci., 2023, 136, jcs260918.
  https://journals.biologists.com/jcs/article/doi/10.1242/jcs.260918/310593
  
• Kamada R., Miyazaki H., Janairo J.I.B., Chuman Y., and Sakaguchi K.
  Bilayer Hydrogel composed of elastin-mimetic polypeptides as a bio-actuator with bidirectional and reversible bending behaviors.
  Molecules, 2023, 28, 5274.
  https://doi.org/10.3390/molecules28135274
• Peng Y., Huang Q., Liu D., Kong S., Kamada R., Ozato K., Zhang Y., and Zhu J.
  A single-cell genomic strategy for alternative transcript start sites identification.
  Biotechnol.  J., 2024, 19, 2300516.
  https://doi.org/10.1002/biot.202300516

Presentation（学会発表）

• 19th Akabori Conference（2023.5.16-19／コラボしが21, 滋賀県大津市）
  「“r-Peptides” encoded by latent ORFs in procaryotic ribosomal RNAs」
  ○Kazuyasu Sakaguchi
  【招待講演】
• 3rd Université de Montréal – Hokkaido University Joint Faculty-Graduate Student Symposium（2023.5.5／Université de Montréal, Canada）
  「Regulation of innate immunity: transcriptional memory in interferon pathway and role of PPM1D in neutrophil subset polarization」
  ○Rui Kamada
  【招待講演】
• 第60回日本生化学会北海道支部例会（2023.7.15／北海道大学薬学研究院）
  「破骨細胞の形成および機能制御におけるp53 誘導性ホスファターゼPPM1D の機能」
  ○本下壮太郎、牛尾早百合、谷野圭持、坂口和靖、鎌田瑠泉
• 第60回日本生化学会北海道支部例会（2023.7.15／北海道大学薬学研究院）
  「p53 誘導性ホスファターゼPPM1D を介した好中球サブセット分化制御機構の解明」
  ○鎌田瑠泉、工藤風樹、児玉達哉、蔵翔磨、谷野圭持、坂口和靖
• 第60回日本生化学会北海道支部例会（2023.7.15／北海道大学薬学研究院）
  「Ser/Thr ホスファターゼ PPM1D 特異的な阻害剤 SL-176 の新規アナローグのがん細胞への効果」
  ○入船佑太、小笠原紗里、谷野圭持、鎌田瑠泉、坂口和靖
  【ポスター賞受賞】
• 第60回日本生化学会北海道支部例会（2023.7.15／北海道大学薬学研究院）
  「Coiled-coil ペプチドの大腸菌増殖に対する促進効果」
  ○上野康大、布川優奈、立井龍太郎、中川夏美、鎌田瑠泉、坂口和靖
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Interaction of Protein/Peptide and other biomolecules from the chemical point of view」
  ○Kazuyasu Sakaguchi
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Novel roles of Ser/Thr phosphatase PPM1D in innate immunity and cancer」
  ○Rui Kamada
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Functional regulation of peptides and proteins via oligomerization」
  ○Natsumi Nakagawa
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「The gain of p53-specific function by loss of hetero-oligomer formation」
  ○Shuya Sakaguchi, Natsumi Nakagawa, Junya Wada, Fumihito Kitagawa, Takao Nomura, Rui Kamada, James G. Omichinski, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Role of Ser/Thr phosphatase PPM1D on adipocyte differentiation via cellular memory」
  ○Sae Uno, Nozomi Kimura, Fuki Kudoh, Kazuyasu Sakaguchi*, Rui Kamada*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Development of a novel substrate identification method for PPM phosphatase based on the divalent metal ion-dependence」
  ○Takaaki Ozawa, Shogo Ito, Natsumi Nakagawa, Rui Kamada, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Role of p53 inducible phosphatase PPM1D in PML-IV inducible cellular senescence」
  ○Daiki Kurosu, Fuki Kudoh, Kazuya Iikura, Rui Kamada*, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Function of r-Peptide in defense against antibiotics: r-Pep(23S-1034) encoded by latent ORF in E. coli rRNA」
  ○Masahiro Date, Yuma Omata, Junya Imaizumi, Shiho Nakano, Kenta Mine, Natsumi Nakagawa, Rui Kamada, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Effect of nucleoside triphosphate active transport on liquid-liquid phase separation in the nucleolus」
  ○Seiyo Doi, Itsumi Tani, Yui Oikawa, Daiki Kurosu, Shogo Ito, Natsumi Nakagawa, Rui Kamada, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Regulation of osteoclast fusion and bone resorption activity by Ser/Thr phosphatase PPM1D」
  ○Sotaro Honka, Daiki Kurosu, Sayuri Ushio, Kazuyasu Sakaguchi*, Rui Kamada*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Functional regulation mechanism of Ser/Thr phosphatase PPM1D via its specific region “P-loop”」
  ○Tatsuki Aikawa, Yuhei Kiyota, Rui Kamada*, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Effects of Ser/Thr phosphatase PPM1D inhibition on human glioblastoma cells」
  ○Yuta Irifune, Sari Ogasawara, Rui Kamada*, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Development of an efficient genome editing method by transient p53 suppression via p53TD peptide」
  ○Kodai Ueno, Yuna Nunokawa, Daiki Kurosu, Natsumi Nakagawa, Rui Kamada, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Effects of inhibition of Ser/Thr phosphatase PPM1D in myeloid cell differentiation」
  ○Soichiro Nakano, Fuki Kudoh, Toshiki Tsukamoto, Kazuyasu Sakaguchi*, Rui Kamada*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Role of Ser/Thr phosphatase PPM1D in the differentiation of white and beige adipocyte」
  ○Kentaro Sugiyama, Sae Uno, Nozomi Kimura, Fuki Kudoh, Kazuyasu Sakaguchi*, Rui Kamada*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Effect of coiled-coil peptides on E. coli growth in stationary phase」
  ○Ryutaro Tatei, Kodai Ueno, Yuna Nunokawa, Rui Kamada, Natsumi Nakagawa*, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Function of r-Peptide, r-Pep(23S-2371), encoded by the latent ORF in E. coli rRNA」
  ○Kana Fukazawa, Masahiro Date, Satoshi Muromachi, Yuma Omata, Natsumi Nakagawa, Rui Kamada, Kazuyasu Sakaguchi*
• Biological Chemistry Symposium 2023（2023.9.23／Hokkaido University）
  「Drug resistance of cancer cells by amino acid starvation in a p53-dependent manner」
  ○Manae Murata, Shuya Sakaguchi, Yu Toguchi, Daiki Kurosu, Natsumi Nakagawa, Toshiaki Imagawa, Rui Kamada, Kazuyasu Sakaguchi*
• 第9回北大・部局横断シンポジウム（2023.10.11／北海道大学医学部百年記念館）
  「細胞分化および細胞応答制御におけるp53誘導性ホスファターゼPPM1Dの新規機能」
  ○鎌田瑠泉
  【招待講演】
• 第9回北大・部局横断シンポジウム（2023.10.11／北海道大学医学部百年記念館）
  「coiled-coilペプチドによる大腸菌の定常期における増殖促進」
  ○中川夏美、立井龍太郎、上野康大、布川優奈、坂口周弥、鎌田瑠泉、坂口和靖
• 第9回北大・部局横断シンポジウム（2023.10.11／北海道大学医学部百年記念館）
  「大腸菌rRNA中に存在するlatent ORFにコードされるr-Peptide：r-Pep(23S-2371)の抗生物質に対する防御機能」
  ○伊達正広、深澤香奈、小俣悠馬、室町慧、中川 夏美、鎌田瑠泉、坂口和靖
• 第9回北大・部局横断シンポジウム（2023.10.11／北海道大学医学部百年記念館）
  「Nucleophosminとリボソームタンパク質による液­­-液相分離を介した核小体形成機構」
  ○土井星陽、谷愛海、及川 ゆい、黒須大樹、中川 夏美、鎌田瑠泉、坂口和靖
• 第9回北大・部局横断シンポジウム（2023.10.11／北海道大学医学部百年記念館）
  「Ser/ThrホスファターゼPPM1D特異的阻害剤SL-176の膜透過性向上を目指した新規アナローグ開発」
  ○入船佑太、小笠原紗里、谷野圭持、鎌田瑠泉、坂口和靖
  【ポスター賞受賞】
• 第9回北大・部局横断シンポジウム（2023.10.11／北海道大学医学部百年記念館）
  「多量体化を介した新規機能性ペプチドr-Pep1の高機能化」
  ○上野康大、布川優奈、坂口周弥、立井龍太郎、中川夏美、鎌田瑠泉、坂口和靖
• 第9回北大・部局横断シンポジウム（2023.10.11／北海道大学医学部百年記念館）
  「骨髄系細胞の分化におけるSer/ThrホスファターゼPPM1D阻害の効果」
  ○仲野聡一郎、工藤風樹、塚本敏生、坂口和靖、鎌田瑠泉
• 15th Australian Peptide Conference/13th International Peptide Symposium（2023.10.15-20／Brisbane Convention&Exhibition Centre, Brisbane, QLD, Australia）
  「Novel functional polypeptides “r-Peptides” encoded by latent ORFs in bacterial ribosomal RNAs.」
  ○Kazuyasu Sakaguchi, Masahiro Date, Yuma Omata, Satoshi Muromachi, Natsumi Nakagawa, Rui Kamada
• 15th Australian Peptide Conference/13th International Peptide Symposium（2023.10.15-20／Brisbane Convention&Exhibition Centre, Brisbane, QLD, Australia）
  「Role of Ser/Thr phosphatase PPM1D on Neutrophil subset polarization」
  ○Rui Kamada, Tatsuya Kodama, Shoma Kura, Fuki Kudoh, Kazuyasu Sakaguchi
• 第96回日本生化学会大会（2023.10.31-11.2／福岡国際会議場・マリンメッセ福岡（福岡県福岡市））
  「Ser/ThrホスファターゼPPM1Dを介した破骨細胞分化および機能制御機構の解明」
  ○鎌田瑠泉、本下壮太郎、黒須大樹、牛尾早百合、坂口和靖
• 第96回日本生化学会大会（2023.10.31-11.2／福岡国際会議場・マリンメッセ福岡（福岡県福岡市））
  「Ser/ThrホスファターゼPPM1Dの脂肪細胞分化および脂肪滴形成における新規機能」
  ○宇野早映、木村望、坂口和靖、鎌田瑠泉
  【若手優秀発表賞受賞】
• 第96回日本生化学会大会（2023.10.31-11.2／福岡国際会議場・マリンメッセ福岡（福岡県福岡市））
  「Ser/ThrホスファターゼPPM1DによるPML誘導細胞老化制御の解明」
  ○黒須大樹、工藤風樹、飯倉一哉、坂口和靖、鎌田瑠泉
• 第60回ペプチド討論会（2023.11.8-10／芸術劇場琵琶湖ホール（滋賀県大津市））
  「Expression of novel functional polypeptides “r-peptides” encoded by latent ORFs in bacterial ribosomal RNAs in response to antibiotics」
  ○Kazuyasu Sakaguchi
  【招待講演】
• 第60回ペプチド討論会（2023.11.8-10／芸術劇場琵琶湖ホール（滋賀県大津市））
  「PPM1D PHOSPHATASE REGULATES NEUTROPHIL POLARIZATION THROUGH THE ALTERNATIVE SPLICING OF CEACAM3」
  ○Rui Kamada, Tatsuya Kodama, Shoma Kura, Fuki Kudoh, Kei Kawamura, Kazuyasu Sakaguchi
• 第60回ペプチド討論会（2023.11.8-10／芸術劇場琵琶湖ホール（滋賀県大津市））
  「GROWTH OF E. COLI IN STATIONARY PHASE ENHANCED BY COILED-COIL PEPTIDES」
  ○Natsumi Nakagawa, Ryutaro Tatei, Kodai Ueno, Yuna Nunokawa, Shuya Sakaguchi, Rui Kamada, and Kazuyasu Sakaguchi
• 第60回ペプチド討論会（2023.11.8-10／芸術劇場琵琶湖ホール（滋賀県大津市））
  「FUNCTION OF r-PEPTIDE, r-PEP(23S-2371) ENCODED BY THE LATENT ORF IN E. COLI rRNA, IN DEFENSE AGAINST ANTIBIOTIC」
  ○Masahiro Date, Kana Fukazawa, Yuma Omata, Satoshi Muromachi,Natsumi Nakagawa, Rui Kamada, and Kazuyasu Sakaguchi
• 第60回ペプチド討論会（2023.11.8-10／芸術劇場琵琶湖ホール（滋賀県大津市））
  「LIQUID-LIQUID PHASE SEPARATION BY NUCLEOPHOSMIN AND RIBOSOMAL PROTEIN FOR NUCLEOLUS FORMATION」
  ○Seiyo Doi, Itsumi Tani, Yui Oikawa, Daiki Kurosu, Natsumi Nakagawa, Rui Kamada, and Kazuyasu Sakaguchi
• International Mini-Symposium on Peptide Design and Functional Extension ~A Satellite Symposium of the 60th Japanese Peptide Symposium~（2023.11.11／京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ（京都府宇治市））
  「PPM1D phosphatase regulates neutrophil subset function via alternative splicing of CEACAM3」
  ○Rui Kamada
  【招待講演】

Award（受賞）

• 入船 佑太 （MC1): ポスター賞（第60回日本生化学会北海道支部例会）
  ‘Ser/Thr ホスファターゼ PPM1D 特異的な阻害剤 SL-176 の新規アナローグのがん細胞への効果’
• 入船 佑太 （MC1): ポスター賞（第9回北大・部局横断シンポジウム）
  ‘Ser/ThrホスファターゼPPM1D特異的阻害剤SL-176の膜透過性向上を目指した新規アナローグ開発’
• 宇野 早映 （DC2): 若手優秀発表賞（第96回日本生化学会大会)
  ‘Ser/ThrホスファターゼPPM1Dの脂肪細胞分化および脂肪滴形成における新規機能’